Fiscal 1
A SEFAZ só tem inutilização de numeração para NF-e. No CT-e o serviço saiu na versão 4.00, e o MDF-e nunca teve. Nos dois, o jeito de fechar um salto na numeração é trocar o número do documento antes de enviar. Fiscal → Inutilização
O que significa: Inutilizar número só existe para NF-e. Para CT-e e MDF-e, o número pulado se resolve renumerando o próximo rascunho para ocupar o buraco.
O que fazer: Abra o próximo CT-e/MDF-e em rascunho e use Renumerar para o número que faltou.