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A conta de transportadora emite no próprio documento, e a SEFAZ exige CNPJ no emitente. Se você é escritório de contabilidade e emite para clientes, escolha esse tipo de conta — aí o CPF vale. Criar conta
O que significa: Conta de transportadora precisa de CNPJ, porque os documentos fiscais saem no nome dela. Contador que emite para clientes pode se cadastrar com CPF, no tipo 'escritório de contabilidade'.
O que fazer: Informe o CNPJ da transportadora, ou troque o tipo de conta para escritório de contabilidade.